Le statut de site patrimonial déclaré entraîne des obligations pour toute personne intervenant sur le territoire. Ainsi, une autorisation du ministre de la Culture et des Communications est requise avant de « diviser, subdiviser, rediviser ou morceler un terrain, modifier l’aménagement ou l’implantation d’un immeuble, faire quelque construction, réparation ou modification relative à l’apparence extérieure d’un immeuble, démolir en tout ou en partie cet immeuble, ériger une nouvelle construction » ou « faire un nouvel affichage, modifier, remplacer ou démolir une enseigne ou un panneau-réclame » (LPC, art. 64 et 65). Sous réserve des exceptions prévues, une autorisation du ministre est également requise pour « excaver le sol même à l’intérieur d’un bâtiment » (LPC, art. 64). Les autorisations du ministre peuvent comporter des conditions auxquelles doit se conformer toute personne qui désire entreprendre l’un des actes visés (LPC, art. 66). Il faut savoir qu’au sens de la Loi sur le patrimoine culturel, un immeuble correspond notamment à un bâtiment, mais également à plusieurs autres éléments, dont une rue, un arbre ou encore un aménagement urbain.
Les immeubles patrimoniaux classés présents sur le site patrimonial du Vieux-Québec ne sont pas régis par les règles applicables à un site patrimonial déclaré et, en conséquence, les orientations du présent plan de conservation ne s’appliquent pas dans leur cas. D’autres articles de la Loi établissent les obligations, plus contraignantes, qui concernent ces immeubles classés.
Les projets soumis au ministre 6 sont analysés au cas par cas en fonction de leur effet sur les valeurs du site patrimonial du Vieux-Québec. Les caractéristiques prises en compte dans l’analyse des projets, en lien avec les valeurs associées à ce territoire, sont notamment le cadre naturel, le réseau viaire, le système parcellaire, le cadre bâti, les unités de paysage, les qualités visuelles et le patrimoine archéologique. De plus, le ministre peut demander un avis au Conseil du patrimoine culturel du Québec avant de rendre une décision (LPC, art. 83).
Si la demande d’autorisation comprend une intervention archéologique, une demande de permis de recherche archéologique (LPC, art. 68) devra être préalablement déposée au Ministère. Le demandeur devra satisfaire aux conditions prévues par la Loi et par le Règlement sur la recherche archéologique. Ce permis ainsi que l’autorisation de travaux doivent être obtenus avant toute intervention. La demande d’autorisation de travaux et la demande de permis sont deux démarches distinctes. L’autorisation du ministre est requise, au préalable, pour effectuer les interventions prévues aux articles 64 et 65, et elle doit être obtenue aux fins de la Loi sur le patrimoine culturel. Cette loi ne dispense pas les personnes concernées d’obtenir tout autre permis, certificat ou autorisation pouvant être requis en vertu d’une autre loi ou d’un règlement.
En décembre 2016, le gouvernement a adopté la Loi accordant à la Ville de Québec le statut de capitale nationale et augmentant à ce titre son autonomie et ses pouvoirs. En vertu de cette Loi, depuis le 9 juin 2017, la Ville de Québec exerce les pouvoirs du ministre à l'égard de certaines dispositions de la Loi sur le patrimoine culturel notamment au regard de certaines autorisations de travaux dans le site patrimoniaux du Vieux-Québec. Dans l'exercice de ces pouvoirs, la Ville doit tenir compte du plan de conservation du site patrimonial du Vieux-Québec établi par le Ministère.